WebSite-Watcher bietet mehrere Möglichkeiten, wie Bookmarks geprüft werden können:
| 1. | manuell mit Menü-Kommandos bzw. Shortcuts |
| 2. | automatisch mit der AutoWatch Funktionalität |
| 3. | mittels der integrierten Script-Sprache |
| 4. | via Kommandozeilen-Parameter |
Die folgenden Methoden können für eine manuelle Bookmark-Prüfung verwendet werden:
Prüfe alle Bookmarks im gewählten Ordner
| 1. | Wählen Sie den Ordner, den Sie prüfen möchten |
| 2. | Klicken Sie den Prüfen-Button  , oder verwenden Sie die Funktionstaste F9(Shift+Click auf einen Ordner startet die Prüfung ebenfalls) |
Prüfe alle Bookmarks
| 1. | Wählen Sie den Ordner "Alle Bookmarks" |
| 2. | Klicken Sie den Prüfen-Button , oder verwenden Sie die Funktionstaste F9 |
Prüfe selektierte Bookmarks
| 1. | Selektieren Sie die Bookmarks, die Sie prüfen möchten |
| 2. | Machen Sie einen Rechtsklick auf die Selektion und wählen Sie "Bookmark prüfen", oder den Shortcut Ctrl+K |
Prüfe alle Hotsites
Der Shortcut Ctrl+Shift+H wählt den Ordner "Hotsites" und prüft alle Bookmarks in diesem Ordner.
Wenn Sie eine Prüfung starten, werden die Bookmarks in eine Warteschlange eingefügt (der sogenannten Check-Queue) und eine graue Erde 
erscheint auf der linken Seite des Bookmarks. Sobald das Bookmark geprüft wird, wird eine blaue Erde 
dargestellt. Nach beendeter Prüfung wird dieses Symbol wieder entfernt.